Les Éclaireurs

La Bactérie et le Légume...

Ce samedi 31 juillet 2021, Fabienne Vande Meerssche (@fvandemeerssche) reçoit dans LES ÉCLAIREURS : Céline Chevalier, Bioingénieure agronome, Doctorante Aspirante FNRS à l’UCLouvain au pôle de recherche ELIA & Augustin Géron, Microbiologiste marin et Doctorant en cotutelle Université de Stirling & UMonsInstitut de recherche en Biosciences.

 

DIFFUSION : samedi 31 juillet 2021 à 13h10’

REDIFFUSION : dimanche 01 août 2021 à 23h10’

Céline Chevalier

Céline Chevalier est Bioingénieure agronome et Doctorante Aspirante FNRS à l’UCLouvain au pôle de recherche ELIA (Earth and Life Institute – Agronomy).

Pour son master en Sciences Agronomiques – à finalité protection intégrée des cultures –, Céline Chevalier a réalisé un mémoire sur le modèle agroécologique des jardins créoles en Guadeloupe.

12 images
Jardin BT09 © Céline Chevalier

Elle a ensuite entamé, en 2017, une thèse de doctorat portant sur les associations de cultures en maraîchage en Wallonie, en mêlant approche scientifique classique et approche participative. Elle est spécialisée en agronomie et phytopathologie.

En juin 2021, lors du concours "Ma thèse en 180 secondes", Céline Chevalier (2ème prix) a présenté sa recherche sous le titre "Speed-dating de légumes".

Regardez ici la prestation de Céline Chevalier lors de la Finale nationale du concours "Ma thèse en 180 secondes".

12 images
Ma thèse en 180 secondes : Finale nationale 2021 © Université de Liège

Les recherches de Céline Chevalier portent sur l’étude systémique des associations de cultures en maraîchage : comment les choisir ? comment les mettre en place ? Pour améliorer la compréhension et les connaissances sur le sujet, son étude est menée de façon participative et expérimentale, avec la collaboration d’un réseau de maraîcher·es wallon·nes et bruxellois·es et de leurs parcelles de cultures. Pour étudier le développement et les résultats de certaines associations dans des contextes différents, chaque agriculteur·trice conserve ses spécificités.

12 images
Interaction dans des associations de cultures © Céline Chevalier

Céline Chevalier réalise une partie de ses recherches à la Ferme maraîchère de Lauzelle.

12 images
Vue aérienne de la ferme de Lauzelle © UCLouvain
12 images
Dessin de Pierre Kroll diffusé lors de la prestation de Céline (Finale de MT 180) © Pierre Kroll

Augustin Géron

Augustin Géron est Microbiologiste marin et Doctorant à l’UMonsInstitut de recherche en Biosciences et à l’Université de Stirling.

Après un master en Biologie des organismes, il entame en 2017 une thèse de doctorat sur le cycle de jour et de nuit des communautés picoplanctoniques marines, en cotutelle UMonsUniversité de Stirling (Écosse). Lors du concours "Ma thèse en 180 secondes", en juin 2021, Augustin Géron a présenté sa recherche sous le titre "Le cycle du jour et de la nuit des bactéries".

Regardez ici la prestation d'Augustin Géron lors de la Finale nationale du concours "Ma thèse en 180 secondes".

 

12 images
Ma thèse en 180 secondes : Finale nationale 2021 © Université de Liège

Voici les explications fournies par Augustin Géron sur ses recherches :

Le cycle jour/nuit des bactéries est fondamental puisqu’il structure temporellement les écosystèmes des bactéries présentes partout sur la planète. Ainsi, les organismes photosynthétiques utilisent la lumière du jour pour produire de la matière. Dans l’océan, les microorganismes forment des communautés complexes qui jouent un rôle clé dans la production primaire et les cycles biogéochimiques. Apprendre à connaître leur comportement permettra de mieux comprendre les écosystèmes, éventuellement combattre certaines bactéries et d’améliorer les processus biotechnologiques.

L’impact du cycle jour/nuit sur les bactéries marines a d’abord été observé par métaprotéomique environnementale sur des communautés microbiennes échantillonnées à la surface du Nord-Ouest de la mer Méditerranée. La métaprotéomique est une technique utilisée en microbiologie afin d'étudier l'ensemble des protéines présentes dans un mélange complexe (i.e. qui se compose de plusieurs espèces, comme un échantillon d'eau de mer). Lorsque l'on cherche à comprendre le fonctionnement d'un écosystème au niveau microbien, pouvoir observer l'expression des protéines de milliers d'espèces différentes invisibles à l'œil nu est un outil incroyablement utile et puissant.

12 images
Culture en flasque de la bactérie Rhodospirillum rubrum dans un incubateur qui permet l'étude de l'impact du cycle du jour et de la nuit chez cette bactérie © Augustin Géron

Ensuite, une analyse phylogénétique (consistant à replacer un gène dans son contexte évolutif pour décrire sa distribution) des gènes KaiABC, qui encodent les principaux composants de l’horloge circadienne des Cyanobactéries, a été réalisée afin de distinguer d’autres horloges potentielles chez les Bactéries. Des investigations complémentaires ont été menées sur la bactérie pourpre photohétérotrophe Rhodospirillum rubrum, une bactérie intéressante parce que capable de se nourrir de matières organiques tout en faisant de la photosynthèse.

12 images
Culture sur plaque de la bactérie Rhodospirillum rubrum. Chaque point rougeâtre représente une colonie bactérienne © Augustin Géron

Dans le cadre de sa thèse, Augustin Géron a développé en collaboration avec Johannes Werner de l’Institut de recherche océanographique de la mer Baltique un nouvel outil bio-informatique relevant de nombreux défis techniques inhérents à la métaprotéomique environnementale : mPies. Grâce à cet outil, ils ont notamment pu démontrer l’impact significatif des choix méthodologiques en métaprotéomique. Ils ont ensuite observé que les communautés bactériennes issues du Nord-Ouest de la mer Méditerranée répondaient au cycle jour/nuit tant au niveau des phototrophes (i.e. Synechococcales) que des photohétérotrophes (i.e. Rhodobacterales). L’analyse phylogénétique des gènes KaiABC a confirmé que les homologues des gènes circadiens étaient répandus chez les Bactéries et notamment chez les bactéries photohétérotrophes. L’étude du cycle jour/nuit chez Rhodospirillum rubrum a permis de constater que l’expression des gènes KaiBC dépendait de la condition de lumière, ce qui pourrait être lié à l’existence d’une horloge biologique.

12 images
Dessin de Pierre Kroll diffusé lors de la prestation d’Augustin (Finale de MT 180) © Pierre Kroll
Newsletter La Première

Recevez chaque vendredi matin un condensé d'info, de culture et d'impertinence.

OK