Séquençage génomique du coronavirus : à quoi ça sert et comment ça marche ?

Séquençage génomique du coronavirus : à quoi ça sert et comment ça marche ?
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Séquençage génomique du coronavirus : à quoi ça sert et comment ça marche ? - © Tous droits réservés

Le nouveau variant britannique du coronavirus plus contagieux représente une vraie menace. Pour le moment, seuls six cas de mutant ont été détectés en Belgique mais des dizaines d’analyses du génome sont en cours. Jusqu’ici, les analyses se faisaient de manière aléatoire dans notre pays. Mais pour mieux pister le nouveau variant, et d’autres mutants potentiels, les autorités belges ont décidé de mettre les moyens. Huit laboratoires vont désormais, de manière systématique, faire du séquençage génomique, soit l’analyse de la carte d’identité des mutants. Cela sert à quoi et comment ça marche ?

On pourrait croire qu’il faut de grosses machines très spectaculaires comme celles pour décrypter notre ADN… Il n’en est rien. Ce sont en réalité de petits boîtiers rectangulaires. "C’est une machine qui est très efficace, avec suffisamment de rapidité et un coût raisonnable", commente Vincent Bours, directeur du service de génétique au CHU de Liège.

Pour le séquençage de la covid-19, les scientifiques utilisent cette petite machine qui se base sur le séquençage par nanopores, des trous d’un diamètre entre 1 et 100 nanomètres. Cette technique permet de déterminer l’ordre dans lequel les composants appelés nucléotides sont disposés sur un fragment d’ADN.


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Maria Artesi, chercheuse au laboratoire de génétique au CHU de liège indique qu’on peut séquencer jusqu’à 96 échantillons par semaine dans son labo : " On compte passer entre 200 et 300 échantillons par semaine. C’est une machine très flexible. On peut loader les échantillons à tout moment de la journée et avoir les résultats dans les 24 à 48 heures. "

Depuis le début du mois de mars, l’équipe du service de génétique du CHU de Liège a séquencé plus 1300 génomes du virus, explique Vincent Bours : " Jusqu’ici, on n’a pas encore détecté de variant britannique dans la région liégeoise. Les derniers résultats datent de ce week-end et d’hier ".

Coup d’accélérateur

La surveillance génomique a toujours existé en Belgique mais elle a pris un sacré coup d’accélérateur ces dernières semaines. La raison ? L’émergence de nouveaux variants qui ont émergé en Grande-Bretagne et en Afrique du Sud. " En juin, un peu moins de 1000 génomes ont été séquencés, maintenant, on a pour objectif de passer à 1000 génomes par semaine ", précise Simon Dellicour, chercheur en épidémiologie spatiale, phylogénétique à l’ULB.


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Suivre les lignées de virus permet de dépister les variants, dont certains peuvent être plus virulents. Mais ce n’est pas tout : passer au peigne fin les 30.000 éléments de ce qui est la carte d’identité du génome du virus permet aussi de les cartographier. En Grande-Bretagne, c’est cette analyse génomique massive financée par le gouvernement qui a permis de débusquer, très tôt, le nouveau mutant.

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