Pourquoi les variants n’ont pas provoqué d’apocalypse en Belgique ?

Un peu plus de 2000 contaminations et près de 150 admissions par jour : c’est un plateau élevé que connaît l’épidémie de coronavirus en Belgique, mais il est cependant très proche de la période entre mi et fin janvier, à laquelle plusieurs virologues nous ont annoncé une troisième vague "inévitable". Inévitable cette fois non à cause de notre manque de préparation, ou de nos comportements, mais à cause de ces fameux "variants" responsables d’augmentations exponentielles au Royaume-Uni, en Afrique du Sud, ou au Brésil.

Selon un rapport du laboratoire de référence de l’UZ Leuven et de la KU Leuven, le variant britannique aurait pu représenter 90% des infections sur le territoire belge, et surtout on nous annonçait alors un taux de reproduction de 1,6, c’est-à-dire le pire qu’on ait connu depuis le début de l’épidémie en Belgique, bien au-delà de ce qu’on avait observé lors des pics de la première et deuxième vagues.

Deux mois plus tard, les variants sont devenus majoritaires, mais pas au point prévu : on parle de 60% plutôt que de 90% de prédominance. Mais surtout le taux de reproduction est après un soubresaut revenu à 1, et le niveau d’admissions et de contaminations est finalement resté assez stable pendant ces deux mois.

Comment l’expliquer ? Un fil Twitter énormément consulté et partagé met en avant une autre notion que le Rt (le taux de reproduction du virus, c’est-à-dire la vitesse à laquelle le virus se reproduit à partir d’un patient contaminé) : le "K", à savoir le taux de dispersion du virus.

Alex Vandermeersch, qui n’est pas épidémiologiste, mais ingénieur en informatique, met en évidence ce qu’on appelle le facteur K, celui de la "dispersion" du virus.

La plupart des modèles prennent effectivement un point de départ pour la reproduction du virus selon lequel chaque personne contaminée va contaminer en moyenne un même nombre de personnes, qui définit le fameux taux de reproduction, ou Rt. Mais c’est bien une moyenne, et là où le bât blesse, c’est que selon les virus, les personnes contaminées n’ont pas du tout tous le même potentiel "infecteur". Et c’est particulièrement vrai, selon les observations scientifiques, pour le SARS-CoV-2, responsable du Covid-19.

Le facteur K, justement, tente de mesurer ce potentiel de dispersion selon ce principe : plus sa valeur est proche de 1, plus chaque patient contaminé infecte le même nombre de personnes. Plus sa valeur est basse, plus le nombre de personnes contaminées par un patient positif est variable. Ce serait le cas pour le SARS-COV-2, où depuis le début de l’épidémie on souligne le rôle des "super-contaminateurs": certains patients seraient beaucoup plus contaminants que d’autres, au point qu’on considère que 20% seulement des positifs seraient à l’origine de 80% des contaminations.

En prenant des mesures qui limitent drastiquement les rassemblements, la Belgique aurait en quelque sorte "cassé" l’effet de ces super-propagateurs : là où elles auraient pu infecter 20 personnes, si elles n’en ont vu que 2 à cause des mesures, elles n’ont pu infecter que ces deux-là. Et dans ce cadre-là, la contagiosité plus grande des variants ne peut pas s’exprimer.

Sur Twitter, l’épidémiologiste Marius Gilbert a estimé l’hypothèse "intéressante et à creuser" :

Sollicité par la RTBF, il nous explique : "Les estimations qui ont été faites de ce coefficient K pour le coronavirus donnent un coefficient très bas. Cela veut dire qu’en effet, ce serait un petit nombre de personnes qui infectent énormément de monde, alors que de nombreux patients infectent eux très peu de personnes, voire pas du tout".

Et quand on dit un petit nombre de personnes, il faudrait même plutôt viser un petit nombre d’événements super-propagateurs, car un sujet plus contaminant qui voit quelques amis en plein air n’en infectera pas beaucoup, alors que s’il est rassemblé avec une centaine d’amis dans un club mal ventilé, il en contaminera la plupart. C’est un seul événement, qui provoque beaucoup de contagions, et par la suite, chacun de ces contaminés va contribuer à alimenter la dispersion : même si eux n’en contaminent que deux chacun, on peut rapidement avoir un processus où d’un seul positif, on passe à 100, puis à 300, 900, 2700, etc. C’est la fameuse exponentielle que l’on redoute, mais dont l’explosion est au départ causée par des événements super-propagateurs "isolés".

"Ce facteur avait été étudié pour expliquer les très grosses différences de contaminations entre régions parfois observées au sein d’un même pays", explique Marius Gilbert.

C’est d’ailleurs ce qui justifie le concept de "bulle", même si la limitation actuelle à une seule personne peut paraître extrême : "Dès le début, c’est ce qu’on cherchait, en limitant le nombre de personnes par rassemblement, on limite la portée de ces super-propagateurs" explique Marius Gilbert.

Et à l’inverse, lors des deux vagues qu’a connues la Belgique, on estime qu’il a dû se produire des événements super-propagateurs qui ont causé une base de contaminateurs très importante. Le temps de limiter les contacts, il était déjà trop tard, la contamination a continué à se répandre à un niveau très élevé avant de pouvoir faire redescendre la courbe.

"Les pays qui ont pris très tôt des limitations de rassemblements n’ont d’ailleurs pas connu des vagues si élevées" souligne Marius Gilbert.

Certains chercheurs estiment même qu’on aurait dû se concentrer sur ce qu’on appelle le "backward tracing", c’est-à-dire plutôt que d’identifier les contacts à risque, tenter de remonter à la source de l’infection, afin de mieux empêcher les super-contaminations.

Et pour les variants, alors ?

Selon Marius Gilbert, il n’y a pas de raison que le facteur K de dispersion des variants soit différent des autres souches. Mais ce qu’on appelle les "mesures non pharmaceutiques", à savoir les règles sanitaires imposées pour les gouvernements, peuvent avoir un grand rôle dans la dispersion des variants.

"Il faudrait connaître les chaînes de transmission de bout en bout pour pouvoir vraiment estimer cette dispersion. Mais on ne peut pas détacher les mesures de la contagiosité supérieure des variants des mesures qui ont accompagné les implantations de ces variants. Selon l’intensité des mesures, et leur réelle mise en œuvre, on obtient des résultats très différents de la vitesse de propagation de ces variants".

Les estimations qui ont été faites en janvier pour l’évolution de l’épidémie en Belgique se sont basées sur un taux de reproduction qui était multiplié par le degré de transmission supérieur estimé des virus au Royaume-Uni, dans un contexte où on avait relâché certaines mesures, et où les bars notamment étaient accessibles.

L’hypothèse d’un variant plus contagieux a été validée par le fait que chez nous aussi, cette souche est devenue majoritaire. Mais en raison des mesures différentes, avec des contacts sociaux plus restreints et l’Horeca complètement fermé, ça n’a pas eu les mêmes conséquences : "Cette augmentation de la contagiosité des variants fait que des super-contaminateurs, dans des circonstances propices, ont pu contaminer 40 personnes au lieu de 20, explique Marius Gilbert. Mais avec des mesures strictes, elles n’ont pu contaminer que deux personnes au lieu d’une."

Ces règles viennent donc perturber l’évolution mathématique du taux de reproduction, car le très grand nombre de contaminations du super-contaminateur n’arrive pas à sa pleine expression.

"C’est pour ça que l’interdiction des plus gros rassemblements est maintenue", explique Marius Gilbert.

Malgré l’injustice ressentie par les patrons de café, une soirée en bar regroupe en effet tous les ingrédients d’un événement super-contaminateur :

  • Un grand nombre de personnes, donc une plus grande probabilité d’y trouver un individu positif et super-contaminant.
  • La durée, parfois très longue, où l’on reste en contact avec ces potentiels contaminateurs
  • Un local fermé, où les gouttelettes émises restent en suspension et ne sont pas dispersées
  • Pas de port du masque qui empêcherait l’émission de ces gouttelettes
  • Le fait de parler fort avec le bruit, ce qui augmente la projection des gouttelettes pouvant contenir le virus.

A l’inverse les événements culturels, avec port du masque et distance paraissent moins risqués.

Cette hypothèse semble de plus validée par ce qu’on a observé dans d’autres pays : en Irlande, par exemple, la courbe des contaminations a explosé alors que le variant était minoritaire, elle est descendue quand il était majoritaire. Mais l’Irlande avait déconfiné pour Noël et repris des mesures très dures par la suite.

Quant au Royaume-Uni, on a vu que dans les régions où le variant était majoritaire, et où les bars avaient pu rouvrir, cela avait accéléré la propagation de l’épidémie. Il avait ensuite fallu un temps plus long pour infléchir la courbe, mais même avec le variant, des mesures strictes de réductions des contacts avaient permis de faire redescendre les contaminations, jusqu’à l’arrivée des vaccins qui ont aussi aidé à contenir la propagation.

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