Coronavirus : les résultats des tests PCR vont bientôt être nuancés avec positifs faible, normal ou fort

Ce n’est pas la première fois que l’on évoque la problématique. Les tests de diagnostic RT-PCR (PCR en temps réel) sont ultra sensibles, ils sortent positifs même pour des individus qui portent trop peu de virus pour être encore contagieux. Pour en faire de meilleurs tests de contagiosité, les résultats devraient être plus nuancés et harmonisés entre les différents laboratoires qui les pratiquent. Le CNR le centre national de référence des laboratoires planche sur la calibration de ces tests et pourrait aboutir à leur harmonisation dans les prochaines semaines

Pour l’heure, pas de place pour la nuance : c’est positif ou négatif. Le résultat d’un test de dépistage du Covid-19 par RT-PCR est binaire, sans aucune indication sur la quantité de virus présent – la charge virale – et sans hiérarchisation.

Tests PCR et tests PCR en temps réel

Petit rappel de ce qu’est un test PCR, c’est l’analyse de cet échantillon que l’on prélève dans notre nez et notre gorge avec un écouvillon et qui sert à dépister le fameux coronavirus.

Pour détecter son matériel génétique, on va l’amplifier de manière exponentielle. On va faire des cycles successifs à trois températures différentes. Au final, on va faire une copie de ce que l’on cherche. En moyenne, on fait de 40 à 45 cycles où l’on recopie à chaque fois le matériel génétique du virus que l’on cherche. Pour bien comprendre, si au départ, on a une copie, au bout d’un cycle, on en aura deux, au bout du deuxième, on en aura quatre et ainsi de suite. A la fin, on obtient une quantité telle, que la cible (le matériel génétique de notre virus) devient détectable.


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La PCR en temps réel, permet de mesurer en temps réel la quantité de copies présentes dans le tube. Grâce à de la fluorescence. Le "Ct" est le nombre de cycles d’amplification nécessaires afin d’atteindre une valeur seuil de fluorescence, qui permet de déclarer que l’échantillon est positif au Sars-CoV-2. C’est le principe d’une PCR : dupliquer des séquences génétiques virales contenues dans un échantillon prélevé chez un patient au cours de cycles d’amplification successifs, jusqu’à pouvoir les détecter grâce à des marqueurs fluorescents.

aujourd’hui, les labos se contentent juste de dire si c’est positif ou négatif

Marie Hallin, responsable de la microbiologie au Laboratoire hospitalier universitaire de Bruxelles explique : "Cette PCR en temps réel permet de détecter le virus avant la fin des 40 ou 45 cycles et de déclarer que l’échantillon est positif, mais elle permet de le quantifier. Plus il y a de matériel génétique du virus au départ dans le tube, plus tôt, le signal de fluorescence va dépasser le fameux seuil.

Autrement dit : "La rapidité à laquelle, cela devient positif nous donne une idée de la quantité de matériel génétique du virus, il y a dans le tube. Or aujourd’hui, les labos se contentent juste de dire si c’est positif ou négatif."

Il y a positif et positif

"Un test positif après 40 cycles n’a pas la même quantité du virus qu’un autre après 20 cycles, plus proche du seuil de détection, synonyme d’une plus grande positivité et d’une contagiosité potentiellement très forte": poursuit la microbiologiste.

S’il y a beaucoup de virus dans l’échantillon d’origine, il suffira d’un petit nombre de cycles pour atteindre le seuil de fluorescence. A l’inverse, une faible charge virale exigera un grand nombre de cycles.

Le CNR, le centre national de référence des labos et Sciensano veulent harmoniser les résultats de ces tests. Car, au-delà des nuances à apporter aux résultats, il faut aussi harmoniser les analyses elles-mêmes.

Nuancer et harmoniser les résultats des tests

Et Marie Hallin, d’expliciter : "Pour le moment, chaque laboratoire détecte des gènes différents, sur des machines différentes. Résultats ? Les performances de tous ces tests ne se valent pas. On peut comparer deux seuils de détection sur une même machine avec les mêmes techniques on ne peut pas le faire si tout est différent."

Pour remédier au problème, le CNR devrait proposer bientôt une analyse de référence, en donnant à tout le monde un tube avec une quantité connue de virus à l’intérieur. Chacun, utilisera sa méthode pour faire ses analyses et définira un seuil de détection qui correspondra à cette quantité du virus. On devrait alors pouvoir harmoniser les réponses des différents labos, avec des catégories nuancées de négatif, à positif faible, positif et positif fort.

Cela permettra de connaître la quantité exacte de virus dans l’échantillon

La scientifique est optimiste. "Cela permettra de connaître la quantité exacte de virus dans l’échantillon et donc de pouvoir faire la différence entre un individu qui a une grande quantité de virus et qui est sans doute très contagieux et un individu qui n’en a qu’une faible quantité voire des traces, parfois des restes d’infection, quelque chose qui n’est plus contagieux ! Cela ne répondra pas à toutes les questions mais cela apportera des réponses plus nuancées"

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