Une bactérie de la flore intestinale maîtresse du jeu COVID-19: vrai ou faux ?

Une bactérie de la flore intestinale maîtresse du jeu COVID-19 ? Vrai ou faux
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Une bactérie de la flore intestinale maîtresse du jeu COVID-19 ? Vrai ou faux - © KATERYNA KON/SCIENCE PHOTO LIBRA - Getty Images/Science Photo Libra

L’une de vos connaissances vous a peut-être relayée ce message via Facebook ou WhatsApp : "Plusieurs équipes dans plusieurs pays (notamment en Chine, en France – à Lille – aux USA), ont fait une découverte majeure qui offre un grand espoir de traitement du covid : Le virus, en effet, ne tuerait pas directement, mais par l’intermédiaire d’une bactérie intestinale qu’il infecterait, la Prevotella… et c’est cette bactérie infectée qui, devenant virulente, déclencherait l’hyper-réaction immunitaire qui délabre les poumons et tue le malade".

Prevotella, t’es qui, t’es quoi ?

Prevotella n’est pas une bactérie, c’est une famille de bactéries. On parle du "genre Prevotella" (un genre de bactéries dites commensales, faisant partie de la flore intestinale). Comme l’explique le professeur Patrice Cani, maître de recherche FNRS et spécialiste du microbiote à l’UCL : "Il y a plusieurs catégories de personnes, en fonction de nos bactéries intestinales. On appelle ces catégories les "entérotypes" : on distingue ainsi les bactéroïdes type 1, les bactéroïdes type 2, Prevotella et Ruminococcus. On pourrait catégoriser la population mondiale selon ces 4 genres de personnes, qui correspondent à une dominance de certaines bactéries dans le microbiote. Si je suis entérotype "Prevotella", j’ai moins des 3 autres, si je suis "Bacteroides 2", j’ai moins des autres etc."

Patrice Cani a consacré un chapitre à Prevotella dans une revue publiée dans Gut en 2018 en parlant du "case Prevotella copri" : est-ce une bonne ou mauvaise bactérie ? Les résultats par rapport au diabète sont contradictoires : elle est parfois associée comme bénéfique, parfois comme nocive. Il n’y a donc pas encore de réponse.

Lorsqu’on regarde le facteur d’obésité, ou les inflammations intestinales, ce n’est pas Prevotella la vilaine, ce n’est pas le type le plus dominant. C’est le Bactéroïdes 2 qui est le plus souvent associé à ces désordres. Mais ce n’est pas pour autant un facteur de risque parfait.

Vrai : le rôle du microbiote intestinal

Les fake news comportent parfois une base de vérité, c’est en cela qu’elles induisent le doute dans notre esprit. Le microbiote intestinal joue un rôle important dans la protection contre les agents pathogènes. C’est connu. Comme l’écrit l’Institut Pasteur sur son site en novembre 2019, "plusieurs études ont ainsi montré une abondance accrue de "Prevotella copri" dans le microbiote intestinal de patients atteints de polyarthrite rhumatoïde, de syndrome métabolique, d’inflammation à bas niveau, suggérant que certaines souches de Prevotella pourraient favoriser et / ou aggraver certaines maladies inflammatoires."

Prevotella et COVID-19

Mais les souches PRevotella peuvent-elles jouer un rôle dans le nouveau coronavirus ? Patrice Cani estime qu’il n’y en a aucune preuve. "Je pense qu’on ne peut pas exclure le fait que certains genres bactériens soient dominants dans le microbiote mais est ce pour autant le réservoir ? Non, maintenant en sont ils la cause ? C’est un autre débat sans preuve aujourd’hui."

Cela n’offrirait d’ailleurs aucune piste de traitement puisqu’il est actuellement impossible de cibler uniquement et spécifiquement un seul genre bactérien. Si on prend des antibiotiques, on ratisse large.

Bien sûr, renforcer la barrière intestinale et chouchouter son microbiote est une bonne idée. Mais le professeur refuse d’en faire un dogme : "De là à dire que tout passe par là, c’est une aberration et nous sommes en situation multifactorielle".

Antibiotiques pertinents

La publication analysée ici tire des conclusions sur l’efficacité des antibiotiques : "On tient donc une confirmation de l’intérêt de l’azithromycine, comme thérapeutique curative, à prescrire dès le début de l’infection… et même une piste prometteuse pour traiter préventivement les infections graves (des coronavirus… et sans doute aussi de la grippe !), ce traitement passant par le rétablissement d’une flore intestinale saine qui neutralise Prevotella (par la prescription de "probiotiques", c’est-à-dire d’une bonne flore intestinale)…"

Qu’en penser ? Toujours d’après l’expertise de Patrice Cani, l’efficacité des antibiotiques est très pertinente, mais non pas parce qu’ils auraient un effet direct sur le virus, mais en raison des surinfections qui se produisent lorsque le virus atteint les poumons : "La pathologie pulmonaire est sans doute d’abord liée à une destruction de l’épithélium avec une surinfection bactérienne et là sans doute qu’agir très tôt limite le risque de surinfection (sorte de prévention).

Et revoilà le professeur Raoult

La publication sur les réseaux sociaux se termine en dérapage complotiste : "Il est probable aussi que les médias aux ordres, qui avaient lynché Raoult, parce qu’il laissait entrevoir cette piste thérapeutique bon marché, qui concurrençait leurs antiviraux dont ils attendaient de gros retours financiers, nous taisent cette découverte majeure, et qu’en revanche ils nous serinent maintenant, à temps et à contretemps, que leur vaccin (qui est loin d’être au point et qu’il faudra refaire chaque année, comme celui de la grippe) est la "seule solution"."

Mais non, les médias ne taisent pas les "découvertes" sur la famille de bactérie Prevotella. Ils les creusent en faisant appel à l’expertise de spécialistes de la flore intestinale.