Le variant anglais du coronavirus se développe en Belgique : comment le repérer pour lui faire barrage?

Le variant identifié pour la première fois en Angleterre, baptisé 501Y.V2 ou B.1.1.7, accélère sa propagation en Belgique. Les récentes détections montrent qu’il ne s’agit plus de cas importés lors de voyages, mais de contaminations internes, sur le sol belge. A ce jour, plus de 800 cas ont été identifiés depuis le 1er janvier. Comment les identifie-t-on ?

D’abord par les tests PCR

Le variant détecté en Grande-Bretagne possède une mutation qui entraîne une déficience des tests PCR effectuées au niveau du gène S (le gène encodant la protéine "Spike", la clé qui permet d’entrer dans la "serrure", le récepteur de la cellule hôte).

Lorsque les tests PCR sont appliqués selon un certain protocole, le résultat indique donc une déficience qu’on appelle "S-gene drop out". Ce "S-gene drop out", lorsqu’il apparaît, est donc une indication qu’il pourrait s’agir du variant 501Y.V1, détecté en Angleterre.


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Un nombre en augmentation

Première constatation, le nombre absolu de tests qui présentent cet indicateur "S-gene drop out" s’accélère. Cette détection double tous les 3 à 4 jours depuis 10 jours. Ceci correspond, d’après le microbiologiste Emmanuel André (KULeuven) responsable de la plateforme de séquençage génomique, à un taux de reproduction (Rt) équivalent à 1,7. Or, on sait qu’une épidémie n’est amenée à se réduire que si ce taux est inférieur à 1 (une personne contamine moins d’une autre personne en moyenne).

Une proportion qui augmente

Deuxième observation, de plus en plus de tests PCR positifs comportent l’indicateur évoqué plus haut. Avant Noël, nous étions en Belgique à entre 0 et 5% de détection. Samedi dernier, on recensait 23% de tests positifs avec le fameux "S drop out". On est donc face à un phénomène qui s’accélère. La première augmentation s’était produite au retour de vacances d’hiver, début janvier.

"Maintenant, l’augmentation est plus forte et nous sommes 2 à 3 semaines après les vacances. Il s’agit donc de cas secondaires", explique Emmanuel André. Par ailleurs, cette détection de cas positifs suspects ne se produit plus seulement dans des laboratoires proches des lieux d’arrivée ou de départ (près des gares ou aéroports), mais dans d’autres laboratoires éloignés.

88% de souches suspectes confirmées

Enfin, lorsque des laboratoires détectent cette déficience sur le gène S, il faut une confirmation de la plateforme de séquençage génomique, pour déterminer qu’il s’agit bien d’un variant d’origine britannique.

La semaine dernière, cette plateforme (UZ Leuven-KU Leuven, UZ-Gent, UZAntwerpen et CHU-Liège) a constaté que 88% des échantillons présentant ce signal d’alerte à la détection PCR étaient confirmés comme variants B.1.1.7 découvert en Angleterre.

Nouvelle stratégie

Pour mieux détecter ces variants ou du moins les signes suspects de leurs mutations, les laboratoires vont tous être invités à réaliser des "tests réflexes" sur chacun des cas positifs de Covid-19 analysés en Belgique.

Tous ces laboratoires seront amenés à développer des tests complémentaires à faire chez eux, a posteriori : identifier deux mutations typiques du variant d’origine britannique (501Y et 484K).

Covid-19 : la progression du variant britannique inquiète (JT 18/01/2021)

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