Derrière les chiffres : le variant britannique représente 43% des nouvelles transmissions de Covid-19

Chaque vendredi, Derrière les chiffres décrypte les données de la pandémie, en collaboration avec l’épidémiologiste Marius Gilbert (ULB).

Cette semaine, en marge du comité de concertation, nous avons choisi de mettre l’accent sur un paramètre qui préoccupe les décideurs politiques comme les autorités sanitaires : le variant découvert au début de l’automne en Grande-Bretagne et apparu en décembre en Belgique.

Son nom de code est 501Y.V1 ou encore B. 117 (nom donné à la lignée génétique de ce variant). C’est moins facile que "britannique", mais toujours bon à savoir, si vous découvrez ce nom de code dans un article. Notez que c’est plus logique comme ça : le variant découvert en Afrique du Sud est dès lors 501Y.V2, et celui découvert au Brésil, 501Y.V3. Un trio… qu’on n’espère pas gagnant.

43% des transmissions

En Belgique, 24 laboratoires sentinelles répartis dans le pays ont fourni des échantillons positifs qui ont été analysés par la plateforme de séquençage. Au cours des 2-3 dernières semaines, 8 laboratoires de cette plateforme fédérale ont séquencé 670 échantillons pris au hasard. Cela donne une indication claire de la présence du variant "anglais" en Belgique : 43,6%.

Et maintenant que vous savez ce qu’est le 501Y.V2 (test, relisez la fin du paragraphe supérieur), on peut vous dire qu’il ne représente encore que 5% en Belgique, tandis que le 501Y.V3 (re-test, relisez plus haut) ne représente que 1,2% des échantillons séquencés.

La plateforme de séquençage belge travaille à cette surveillance depuis fin décembre 2020. Elle a donc une vision évolutive et géographique des différents variants. Actuellement, 6341 séquences obtenues en Belgique ont été ajoutées à la banque de données internationales nommée GISAID.

Comment ça pourrait évoluer ?

Il y a actuellement une autre méthode pour estimer la proportion du variant 501Y.V1, sans faire de séquençage. Grâce à un test PCR, il est possible de détecter s’il y a une non-amplification du gène S qui code pour la protéine "spike" (la clé d’entrée du virus dans nos cellules). Le fait que ce gène ne s’amplifie pas lors du test, est un signe qu’il s’agit très probablement du variant en question. On appelle cet indice en anglais le "S gene dropout".

Sur cette base, le microbiologiste Emmanuel André estime dans son dernier rapport que 70% des diagnostics actuels d’infections et 80% des nouvelles infections pourraient être du variant britannique.


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C’est un peu moins que l’estimation que la même équipe fédérale de séquençage avait réalisée le 28 janvier, sur la base de données récoltées du 1er au 22 janvier. Il y était question d’atteindre 90% des infections.

Cependant, selon les extrapolations actuelles, le variant pourrait avoir remplacé les souches dites "indigènes" (autrement dit, classiques), aux alentours d’avril 2021. Prudence, car il s’agit de projections mathématiques, pas de prévisions.

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© Laboratoire National de Référence (UZ Leuven et KU Leuven) – Rapport du 23 février 2021

Le graphique ci-dessus montre l’extrapolation de l’évolution du variant dit "britannique" – on préfère dire "découvert en Grande-Bretagne", c’est moins stigmatisant et plus correct — dans les mois à venir. En gris, il s’agit de la prévision antérieure, réalisée dans le rapport du 28 janvier. On voit clairement en bleu que nous sommes sur une évolution plus basse, mais pas très éloignée.

Pareil dans toutes les régions

Mais n’y a-t-il pas des régions de Belgique où le variant a fait davantage son nid que dans d’autres ? Non. La répartition suit la même évolution dans les différentes régions du pays, comme on le voit sur le graphique ci-dessous. On est loin du temps où le variant avait émergé d’abord à Bruxelles et à Anvers, et ensuite à Namur, Louvain et Mons.

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Part et évolution du variant 501Y.V1 en% par laboratoire © Laboratoire National de Référence (UZ Leuven & KU Leuven) – Rapport du 23 février

Pourquoi ça les inquiète ?

Vous l’avez déjà souvent entendu ou lu, ce variant découvert en Grande-Bretagne est plus contagieux que les souches classiques. L’équipe formée autour d’Emmanuel André estime que cette transmissibilité est accrue de 50%. Dans leurs modèles mathématiques présentés lundi dernier en conférence de presse à l’initiative du Premier ministre Alexander De Croo, les modéliseurs Nicolas Franco (UNamur) et Niel Hens (UHasselt), ont introduit 3 types différents de transmissibilité augmentée (de 30, 50 et 70%). Pourquoi n’est-on pas plus précis ? Parce qu’on ne sait pas encore, par manque de données et de recul.

Il y a cependant un consensus scientifique sur le fait que ce variant est effectivement plus contagieux. Là où un Belge porteur de la souche classique, dans des conditions plus ou moins maîtrisées comme aujourd’hui, contamine en moyenne moins d’une personne, celui qui porte le variant, en contamine 1,30 en moyenne.

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Comparaison du taux de reproduction du variant découvert en GB (en rouge), par rapport à la souche classique (en bleu). La courbe grise correspond à la moyenne des deux. Elle grimpe à mesure que le variant remplace la souche classique. © Laboratoire National de Référence (UZ Leuven et KU Leuven) – Rapport du 23 février 2021

Ce graphique est important pour comprendre la raison pour laquelle les autorités s’inquiètent. On y voit que l’évolution du taux de reproduction du virus en Belgique (la ligne noire), est fortement influencée par le poids de plus en plus important du variant. Ces courbes bougent, fluctuent, car nos comportements (voyages ou non, limitations des rassemblements et autres mesures de restrictions) agissent sur l’évolution de la propagation du virus.

Plus il y aura de variants, plus une personne contaminera en moyenne d’autres personnes. C’est la raison pour laquelle les autorités estiment qu’il ne faut pas relâcher les efforts. D’autres facteurs influencent évidemment les décisions, comme l’état psychologique de la population, et sa capacité d’adhérer encore aux mesures. Tout le monde peut s’accorder sur le fait que l’équilibre entre ces facteurs de risque, est extrêmement compliqué.

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