Coronavirus : toutes les réponses aux questions que vous vous posez sur les variants du SARS-CoV-2

Britannique, brésilien, sud-Africain, indien… Les variants du virus responsable du coronavirus se sont multipliés ces derniers mois et, avec eux, l’inquiétude que l’efficacité des vaccins soit amoindrie. Qu’en est-il ? Que sait-on de ces variants, de leur transmission et de leur dangerosité ? Sont-ils faciles à diagnostiquer ? Doit-on s’inquiéter ou, au contraire, être rassuré au regard de l’expertise scientifique et des réponses apportées à ces mutations ? Voici quelques clés de compréhension et un tour des connaissances actuelles, variant par variant.

Qu’est-ce qu’un variant ?

Quand une personne est infectée par un virus, elle peut générer – surtout les personnes immunodéprimées d’ailleurs – des variants. Au fur et à mesure qu’il circule dans la population en effet, le virus se multiplie au sein des personnes infectées et son génome est alors le théâtre de mutations responsables de l’émergence de variants, c’est-à-dire des formes du virus avec une combinaison inédite de mutations.

Les variants sont-ils tous dangereux ?

"La majorité des variants se plantent et on n’en entendra pas parler. Imaginez une chaîne de production de voitures, si une voiture sort de la chaîne sans moteur, elle ne roulera pas. Pareil pour les virus", précise le virologue et professeur à l’Université de Namur, Benoît Muylkens.

Le virologue poursuit : "D’autres mutations sont qualifiées de 'neutres'. Il s’agit d’erreurs dans le code génétique du virus mais elles ne portent pas à conséquence. Troisième cas de figure, certaines mutations (nettement moins nombreuses, ndlr), introduisent des modifications plus importantes en termes de transmission, de dangerosité voire de diagnostic."

Ces modifications ne sont pas toutes inquiétantes. Un virus évolue en général de manière moins virulente que sous sa forme originelle comme ce fut le cas dans les années 80 avec la diarrhée épidémique porcine (PED) provoquée par une variété de coronavirus, l’Alpha-coronavirus (DEP). En deux ans, les populations de porcs ont été protégées par le variant, devenu prépondérant et nettement moins virulent. "Chez les humains", ajoute Benoît Muylkens, "on a même utilisé des variants comme vaccin ; ce fut le cas pour la poliomyélite ou la varicelle et le zona (variant OKA utilisé comme vaccin)".

Certains variants se propageront plus vite, seront plus dangereux ou plus difficiles à détecter. Ils revêtiront l’une de ces caractéristiques, seulement deux, voire toutes… avec plus ou moins d’intensité.

Enfin, il n’existe pas de variant du SARS-CoV-2 qui terrasse complètement l’immunité acquise par une infection naturelle ou par la vaccination contre les souches classiques.

Le variant et son contexte

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Le contexte dans lequel apparaît le variant est important, comme en Inde où l’oxygène vient à manquer. © Sanjay Kanojia – AFP

Le contexte dans lequel le virus ou son variant se développe est particulier et toute extrapolation s’avère délicate. Ainsi, les variants brésilien et indien explosent dans leur pays respectif mais quelle est la part liée à la mutation du variant elle-même et quelle est la part, par exemple, de la surpopulation ou du respect des gestes barrières ? Difficile voire impossible de répondre à cette question.


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Quelle réponse immunitaire face aux variants ?

Notre corps peut lutter de deux manières contre le virus responsable du Covid-19 : soit il empêche le SARS-CoV-2 d’entrer dans notre organisme grâce aux anticorps, soit il combat le virus quand ce dernier est déjà présent dans notre organisme avec l’aide d’une forme de globules blancs appelés les lymphocytes T (tueurs). Les vaccins, eux, vont engendrer le développement de cette réponse immunitaire, via différentes technologies (ARN messager, adénovirus…).

Pour l’immunologiste de l’ULB et ex-directrice de recherche au FNRS, Muriel Moser, "Les dernières publications scientifiques sont rassurantes sur l’efficacité des vaccins. Les variants ont un impact sur la neutralisation du virus par anticorps mais pas sur les lymphocytes T. C’est rassurant parce que ces cellules T jouent un rôle important pour assurer une forme moins sévère de la maladie."

Pour comprendre, imaginons qu’une personne soit vaccinée contre le Covid-19 et qu’elle soit en contact avec des variants du SARS-Cov-2. Les variants s’engagent alors dans une course d’obstacles pour infecter l’organisme de cette personne et atteindre ses cellules. Ils essaient de sauter le premier obstacle, les anticorps, mais beaucoup n’y arrivent pas. Quelques variants ont toutefois réussi à contourner la barrière et poursuivent leur course ; ils se heurtent au deuxième obstacle, les lymphocytes T et ce qui est rassurant, c’est que les lymphocytes sont aussi efficaces contre les variants que contre le virus originel (pas moins).

Comment les variants sont-ils détectés en Belgique ?

Des collaborations entre scientifiques, entre universités, antérieures à la pandémie et donc aussi à l’apparition des variants ont permis aux autorités publiques de s’appuyer sur une expertise déjà présente en Belgique pour repérer les variants. Avec le Covid-19, elle a été amplifiée. C’est ainsi qu’est née la plateforme fédérale de surveillance génomique qui surveille, détecte et analyse les variants présents sur le sol belge.

Ce n’est pas la seule technique mais la manière la plus sûre de détecter un variant, à savoir réaliser un séquençage du génome du virus, soit un séquençage de l’ensemble du matériel génétique qui, pour le SARS-CoV-2, est codé dans son acide ribonucléique (ARN). Le SARS-CoV-2 comporte près de 30.000 "lettres" dans son génome. Grâce à ce découpage, toutes les mutations peuvent être identifiées.

"En Belgique", précise le chercheur au FNRS du laboratoire d’épidémiologie spatiale de l’ULB, Simon Dellicour, "on séquence maintenant près de 3% des cas positifs au SARS-CoV-2. C’est beaucoup." A titre de comparaison, le leader mondial est le Royaume Uni avec environ 10% de séquençage des cas positifs.

"Les moyens ont été démultipliés avec l’arrivée du variant britannique en décembre et aujourd’hui, notre plateforme peut s’appuyer sur estimation de la diversité génétique du virus, semaine après semaine. On a donc une idée assez précise pour les variants même si l’image n’est pas exhaustive."

Actuellement, sur l’ensemble de l’échantillon de 3%, 85% des cas sont associés au variant britannique, près de 4% des cas au variant sud-africain et près de 5% au variant brésilien. Le variant britannique semble "écraser" les deux autres comme le soulignait le porte-parole du Centre interfédéral de crise lors de sa conférence de presse du 16 avril.

Le variant indien a, lui, fait son entrée sur le territoire belge à la mi-avril mais il n’a été détecté que sporadiquement et des mesures drastiques de quarantaine ont été prises à l’égard des personnes infectées, l’objectif étant de casser la chaîne de transmission, comme ce fut le cas à Arlon avec le variant sud-africain.


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Y a-t-il des bons et des mauvais vaccins ?

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Tous les vaccins autorisés en Belgique seraient efficaces pour prévenir les hospitalisations © Claire Pineux – RTBF

De nombreux variants sont présents en Belgique comme partout ailleurs mais, petit rappel, la grande majorité se "plantent" ou sont neutres. Les autres variants les plus étudiés sont les variants britannique, sud-africain, brésilien et indien.

Selon une récente étude, tous les vaccins autorisés en Belgique, Pfizer-BioNTech, Moderna, AstraZeneca, Johnson & Johnson, seraient efficaces pour prévenir les hospitalisations.

Ces vaccins réalisent un résultat plus contrasté pour les formes légères du Covid-19 : Pfizer-BioNTech (95%), Moderna (94,4%) AstraZeneca (70%) et Johnson & Johnson (57% aux Etats-Unis et 72% en Afrique du Sud). Bref, ce qui est rassurant, c’est que la vaccination – quel que soit le vaccin utilisé — permet d’éviter les formes sévères de la maladie conduisant à l’hospitalisation, voire à la mort dans des cas plus rares, même si elle n’empêche pas, à 100%, le développement d’une forme moins grave de la maladie.

Autre pays, autre gestion : Israël est un laboratoire à ciel ouvert avec sa vaccination de masse (Pfizer-BioNTech) et des données sont désormais disponibles. Selon l’immunologiste de l’ULB, Muriel Moser, "Il en ressort que le variant anglais est bien contrôlé mais que le variant sud-africain l’est moins, sans que ce soit toutefois catastrophique. Des résultats encourageant pour les campagnes de vaccination."

Le virologue Benoît Muylkens de conclure : "Il y a des éléments d’inquiétude quand on analyse les variants mais aussi des éléments rassurants qui empêchent de céder à la panique. Ainsi, l’immunisation de la population grâce à la vaccination contrôle partiellement ces variants… sans compter que nous avons une force technologique hallucinante ; notre capacité à détecter les variants est en effet centuplée si l’on compare à une vingtaine d’années, grâce au séquençage à haut débit."

On peut donc détecter très vite un variant et avoir une idée robuste de sa circulation. "Le revers de la médaille", conclut Benoît Muylkens, "c’est que l’on s’inquiète parfois pour un variant qui ne porte pas à conséquence comme ce fut le cas pour le variant belge."

Le variant britannique (B.1.17 ou 501.V1)

Le variant britannique serait entre 30 et 50% plus contagieux que le virus d’origine et s’est imposé en Belgique puisqu’il constitue à ce jour plus de 85% des cas positifs confirmés.

Toutes les études n’arrivent pas au même résultat à propos de la dangerosité de ce variant. Selon deux études menées au Royaume Uni, parues dans le British Medical Journal et dans Nature, le taux de mortalité est légèrement plus important en comparaison avec les souches existantes. Il est multiplié par un facteur de 1,6.

En d’autres termes, dans les conditions étudiées au Royaume Uni, la mortalité associée aux souches classiques était de 2,5 décès pour 1000 personnes infectées et celle associée au variant 501.V1 était de 4,1 pour 1000. Deux autres études, publiées cette fois dans The Lancet Infectious Deseases & The Lancet Public Health) indiquent qu’il n’y a pas de hausse de la létalité mais une hausse de la charge virale.

Enfin, le variant britannique n’est pas un variant "d’éviction", comprenez que l’immunité préétablie – infection antérieure au Covid-19 ou vaccination – continue à protéger la personne. On ne constate pas d’éviction significative (des anticorps ou des lymphocytes T, les deux composantes de la réponse immunitaire).

Le variant sud-africain (B.1.351 ou 501.V2)

Le variant sud-africain s’est transmis très rapidement en Afrique du Sud où il représentait 83% des cas positifs le 23 novembre alors qu’il était inconnu le 1er octobre 2020. Vu sa vitesse de transmission, une surveillance active a été mise en place en Belgique avec l’objectif de casser la chaîne de transmission dès que le variant est détecté, ce qui a déjà porté ses fruits (Arlon). Ce variant est plus difficile à localiser, d’où la nécessité de réaliser un séquençage génomique pour y arriver. Il constitue près de 4% des cas positifs en Belgique.

C’est le point d’interrogation à propos de sa dangerosité. Aucune étude sérieuse n’est disponible à ce jour sur le sujet.

Est-ce que le variant sud-africain est rétif aux vaccins ? Globalement, il ne montre pas d’échappement aux cellules T, mais des études ont mis en avant que les vaccins à ARN messager comme Pfizer-BioNTech ou Moderna et à Adénovirus (comme Astrazeneca) induisent des taux d’anticorps moins efficaces contre ce variant. Moderna l’a également constaté, ce qui a conduit l’entreprise pharmaceutique à préparer un vaccin spécifique. Enfin, le vaccin Jonhson & Jonhson offrirait lui aussi une protection contre ce variant (tests en phase 3 en Afrique du Sud).

Le variant brésilien (B.1.128 ou P1 ou 501.V3)

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Le variant brésilien, tel qu’il s’est développé dans le pays, est deux fois plus transmissible © Miguel Schincariol – AFP

Le variant brésilien s’est répandu particulièrement rapidement au Brésil, avec un facteur de transmissibilité accrue de 80 à 110% par rapport aux souches d’origine sur le territoire brésilien où il est apparu. Il est donc environ deux fois plus transmissible. Sept semaines après son apparition, il constituait 87% des cas positifs dans la région amazonienne d’origine. Le virus a été introduit en Belgique vers la fin janvier et la première semaine de février. Depuis début mars, il prend un peu plus de place et représente maintenant près de 5% des cas positifs.

Aucune étude sérieuse ne fait le point sur la dangerosité du virus. Mais "selon les médecins locaux", précise le virologue de l’Université de Namur, Benoît Muylkens, "il peut engendrer des formes sévères de la maladie auprès d’une population jeune."

De surcroît, il existe une éviction partielle, autrement dit les vaccins actuellement sur le marché perdent de leur efficacité contre le variant brésilien. Une étude parue dans Science montre ainsi que le variant s’est imposé auprès d’une population déjà immunisée au Brésil. Un Brésilien sur 5 ayant fait le Covid court le risque d’être de nouveau infecté. Il apparaît essentiel que l’immunisation soit forte pour se protéger du variant brésilien, donc que les deux doses aient été bien administrées.

Le variant indien (B.1.617 ou VUI ou 501Y.V1)

Le variant indien présente une quinzaine de mutations. On ignore si la flambée épidémique que connaît l’Inde en ce moment est due à ces mutations, aux grands rassemblements et à la surpopulation associés à une mauvaise observation des gestes barrières ou à une combinaison des deux.

Le variant indien est mentionné pour la première fois en Belgique le 21 avril dans le rapport de la plateforme fédérale de surveillance génomique du SARS-CoV-2. 4 cas ont été détectés à Schoten, Deurne et Saint-Josse-ten-Noode. Le 22 avril, ce même variant est détecté chez 22 étudiants indiens venus se former à Alost. Le variant a été détecté très tôt et une quarantaine stricte mise en place avec l’objectif de casser la chaîne de transmission.

Il n’existe pas de données sur le variant indien qui permettent de tirer des conclusions solides sur sa transmissibilité, sa dangerosité ou sa capacité d’éviction aux vaccins.

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