C'est quoi, le taux de reproduction d'un virus ? A combien doit rester le R pour le coronavrius ?

Comment calcule-t-on le taux de reproduction d’un virus ?

Dans un monde idéal, où chaque personne serait testée quotidiennement, il suffirait de comparer les chiffres du nombre de personnes contaminées et de voir l’évolution pour le déterminer. Mais le nombre de tests est limité, et de nombreuses personnes sont asymptomatiques.

Les chercheurs se basent donc sur les données à leur disposition : le nombre d’hospitalisations, de décès, les guérisons, et vont mettre en place des modèles mathématiques qui tiennent aussi compte de la durée d’incubation, la période pendant laquelle on est contagieux, et du nombre d’immunisés… Et des circonstances particulières qui influent sur la probabilité de transmission, comme l’isolement, naturel, ou le confinement, forcé.

"Nous nous basons aussi sur les données recueillies dans d’autres pays et sur l’évolution des chiffres observées ailleurs, et nous faisons ensuite tourner des tas de modèles mathématiques différents, pour arriver à des résultats, avec un certain intervalle de confiance", explique Annick Sartenaer, membre du groupe naXys.

Qu’est-ce qui peut influencer l’évolution de ce taux de reproduction ?

Puisque ce taux, en tout cas dans son évolution à un temps t, représente la probabilité de contaminer quelqu’un dans des circonstances données, le fait de restreindre les contacts fait fatalement baisser le risque de contaminer d’autres personnes.

Dans leurs recherches, les membres de naXys, Institut namurois des systèmes complexes, ont estimé que de 3,79, ce taux passait à 2,42 pour la période du 14 au 18 mars après les premières mesures, et à 0,73 ensuite avec les mesures de confinement.

Mais attention : cela ne diminue en rien le potentiel de contagion du virus, et donc en cas d’abandon des mesures, le nombre de reproduction pourrait très bien revenir à son niveau initial !

Le nombre de personnes immunisées le fait aussi descendre doucement, puisqu’il restreint aussi cette possibilité de transmission. On ne connaît toutefois pas encore la durée de cette immunisation dans le cas du nouveau coronavirus.

Quelle valeur doit garder le taux de reproduction pour qu’on puisse lever les mesures de confinement ?

En toute logique, une valeur inférieure à 1 signifie que l’épidémie va régresser plus ou moins vite. Cette infographie représente par exemple l’évolution du nombre de contaminations avec un taux de 0,5, c’est-à-dire que pour deux personnes contaminées, une des deux en contaminera une autre seulement :

 

Nicolas Franco a envisagé trois scénarios selon l’intensité du respect des mesures lors des différentes phases de déconfinement. Etant donné les guérisons et les immunisations, il estime que "si les mesures lors des différentes phases de déconfinement sont suffisantes et bien respectées et que le R0 reste inférieur à 1.2 au mois de juin, aucun nouveau pic important d’hospitalisations ne devrait survenir, avec un nombre d’hospitalisés restant inférieur à 1500".

Par contre, "si les mesures sont insuffisantes et/ou trop peu respectées, le R0 dépasserait la valeur de 1.4 et on observerait alors une augmentation rapide des hospitalisations dans le courant du mois de juin avec un risque important de saturation des hôpitaux si aucun reconfinement n’est envisagé".

La surveillance accrue du nombre d’hospitalisations s'est donc avérée cruciale à côté d’un renforcement des tests et du tracing.