Un XIIe siècle néfaste pour l'église saint Jacques
Le tournant de XIIe et XIIIe siècles marque souvent, pour beaucoup de monastères bénédictins de vieille souche, une période de crise. Dès 1050, la vague de fondations bénédictines s'interrompt.
L'église saint Jacques, elle, connait néanmoins encore un développement économique à cette période. Mais dès 1150, la tendance s'infléchit puisque la richesse du monastère ne fait que décroître, notamment en raison du tarissement des donations pieuses de la part des milieux aristocratiques, lesquels privilégient d'autres types de spiritualités monastiques, plus en vogue à ce moment-là. Y contribuent aussi un peu à leur manière des problèmes de gestion et des erreurs d'appréciation des abbés qui continuent à appliquer des politiques de construction alors que les finances sont déjà en péril. Les graves famines qui accablent la région liégeoise à la fin du XIIe jouent également un rôle dans ce déclin.
Des forces vives venues d'ailleurs
Dès 1170, l'abbaye rentre structurellement en crise ; les abbés se succèdent et sont tous démis de leur fonction. On va donc aller chercher des forces vives de l'extérieur, venant notamment de saint Laurent. Au début du XIIIe siècle, saint Jacques doit se séparer d'un abbé indélicat à la conduite manifestement scandaleuse, malgré les efforts de rétablissement de l'abbaye qu'il opère. Finalement, l'abbaye est placée sous tutelle avec une "troika" cistercienne qui opère une politique d'austérité, qui permet de rétablir la santé matérielle du monastère.
