Si le nom d’Hypatie a survécu les siècles, c’est aussi – et surtout – pour le sort tragique dont elle fut victime, devenu un symbole de l’intolérance religieuse.
Parce qu’elle rencontrait souvent Oreste, le gouverneur d’Alexandrie, le bruit courrait parmi les Chrétiens qu’elle l’empêchait d’entretenir des relations amicales avec Cyrille, l’évêque.
En 1736, Voltaire s’indignera à travers ces lignes :
"Y a-t-il rien de plus horrible et de plus lâche que l’action des prêtres de l’évêque Cyrille, que les chrétiens appellent saint Cyrille ? Il y avait dans Alexandrie une fille célèbre par sa beauté et par son esprit ; son nom était Hypatie ; élevée par le philosophe Théon son père, elle occupa la chaire qu’avait eue son père, et fut applaudie pour sa science autant qu’honorée pour ses mœurs ; mais elle était païenne. Les dogues tonsurés de Cyrille suivis d’une troupe de fanatiques, l’allèrent saisir dans la chaire où elle dictait ses leçons, la traînèrent par les cheveux, la lapidèrent, et la brûlèrent, sans que Cyrille le saint leur fît la plus légère réprimande, et sans que le dévot Théodose souillé du sang des peuples de Thessalonique, condamnât cet excès d’humanité."
- Extrait de "L’examen important de milord Bolingbroke"
Au fil des siècles et aujourd’hui encore, la figure d’Hypatie fut récupérée pour devenir – malgré elle – une porte-parole de l’anticléricalisme, du positivisme, voire parfois, du féminisme.