Coronavirus

De A comme Afrique du Sud à Z comme Zinc, tout ce qu'on sait (ou pas) sur le variant Omicron du Covid-19

OMICRON Covid-19 variant concept with wooden text alphabet blocks casting a shadow on a white surface.
06 janv. 2022 à 14:37 - mise à jour 07 janv. 2022 à 09:41Temps de lecture14 min
Par Johanne Montay

L’état des connaissances sur le variant Omicron évolue depuis son identification au Botswana et en Afrique du Sud, en novembre 2021. Le moment nous a semblé opportun de faire un point sur ce que l’on sait et ce que l’on ignore encore à propos de ce variant du SARS-CoV-2, sous forme de glossaire.

A comme Afrique du Sud

Le variant Omicron ou variant B.1.1.529 du coronavirus a été signalé le 24 novembre en Afrique du Sud et depuis lors, il est présent dans près de 130 pays, dont la Belgique.

L’Organisation Mondiale de la Santé a classé ce variant comme préoccupant le 26 novembre. Dans cette catégorie, on retrouve 5 types de variants associés à une augmentation de la transmissibilité ou à l’évolution préjudiciable de l’épidémiologie du Covid-19, à une augmentation de la virulence ou une modification du tableau clinique, ou encore à une diminution de l’efficacité des mesures de santé publiques et sociales ou des outils de diagnostic, des vaccins et des traitements disponibles.

L’Afrique du Sud est, avec le Botswana, le premier pays à avoir rapporté et rendu public le variant Omicron, mais cela ne signifie pas pour autant que la souche ait émergé dans ces pays-là. Les autorités sanitaires néerlandaises ont d’ailleurs déclaré que le variant Omicron circulait aux Pays-Bas avant que l’Afrique du Sud ne le signale pour la première fois.

B comme Belgique

En Belgique, le variant Omicron a été détecté pour la première fois le 24 novembre 2021. Il est devenu le variant dominant, à peine un mois après la détection du premier cas. Ce remplacement du variant Delta s’est produit extrêmement rapidement, comme l’a constaté le laboratoire de référence de la KU Leuven et de l’UZ Leuven, qui séquence le génome.

Durant la semaine du 27 décembre, ce variant Omicron représentait 69% des souches analysées. Le laboratoire suit ces variants sur une base journalière. Un indice permet de détecter dès le test PCR qu’il s’agit d’Omicron : ce variant présente ce qu’on appelle une "délétion" sur le gène S, qu’on appelle en anglais "S gene target failure", ou en abrégé SGTF, qui se remarque au test PCR. Le 3 janvier, ce signal était présent sur 83 à 90% des échantillons positifs analysés par les 8 laboratoires de la plateforme fédérale.

Evolution du nombre de tests PCR analysés comme Omicron (en rouge), Delta (en bleu), ou indéterminés (en jaune).
Evolution du nombre de tests PCR analysés comme Omicron (en rouge), Delta (en bleu), ou indéterminés (en jaune). KU Leuven

Comité de concertation 06/01/2022 : Steven Van Gucht (GEMS) à propos de l'évolution du variant Omicron en Belgique

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C comme contagiosité

Omicron a une transmissibilité accrue, par rapport à Delta, mais dont il est difficile de trouver une évaluation chiffrée. Dans tous les pays où il est devenu dominant et notamment aux Etats-Unis, la croissance des cas est presque verticale, comme l’a déclaré le Dr Anthony Fauci, principal conseiller de la Maison Blanche sur la crise sanitaire.

En Belgique, les projections de la KU Leuven font part d’une croissance attendue d’Omicron vertigineuse, au niveau des contaminations, en janvier. Le record des cas détectés a d’ailleurs été franchi lundi dernier : plus de 27.000 cas positifs, du jamais vu depuis deux ans. Une croissance vertigineuse non suivie de façon parallèle, pour l’instant, par les hospitalisations et les occupations en soins intensifs (autour de 500 unités). La cinquième vague a bel et bien commencé, comme l’a déclaré à la conférence de presse de ce jeudi Steven Van Gucht, membre du groupe d’experts du GEMS, qui conseille le Comité de concertation. Le pic est estimé à la mi-janvier, dans une fourchette estimée entre 30 et 125.000 contaminations par jour.

Evolution pressentie du nombre d’infections en Belgique basée sur les données des laboratoires de la plateforme fédérale. En rouge, Omicron, en gris, Delta.
Evolution pressentie du nombre d’infections en Belgique basée sur les données des laboratoires de la plateforme fédérale. En rouge, Omicron, en gris, Delta. KU Leuven

D comme "dernière vague" ou pas ?

En France, le ministre de la Santé Olivier Véran a estimé que "cette 5e vague sera peut-être la dernière". Optimisme exagéré ? Les scientifiques invitent à la prudence. Pour l’instant, tout est dans le "peut-être" et dans l’hypothèse d’un variant moins virulent, mais plus transmissible, qui ferait du SARS-CoV-2 un virus endémique, qui vivote dans une population suffisamment immunisée par la vaccination et l’infection. Les études menées en Afrique du Sud et au Royaume-Uni semblent à ce sujet encourageantes, mais comportent des limites et les situations ne sont pas transposables d’un pays à l’autre.

E comme efficacité vaccinale

Le variant Omicron présente un échappement immunitaire. Des chercheurs de la KU Leuven et de l’institut Pasteur ont montré, dans une étude parue sur un site de prépublication, que 5 mois après deux doses de vaccin Pfizer ou AstraZeneca, les anticorps présents dans le sang ne sont plus capables de neutraliser Omicron. De même, 6 à 12 mois après les symptômes d’une infection antérieure, Omicron échappe également à une réponse neutralisante. La plupart des anticorps monoclonaux thérapeutiques perdent aussi de leur efficacité contre Omicron. En revanche, une dose de booster après une vaccination complète permet de récupérer une activité neutralisante efficace, la question est "pour combien de temps ?".

F comme "fin" de la pandémie ?

C’est l’espoir formulé par certains scientifiques. Au Danemark, Tyra Grove Krause, épidémiologiste en chef de l’Institut National du sérum, estime ainsi qu'"Omicron amène la fin de la pandémie".

Cependant, d’autres experts estiment qu’il s’agit d’un excès d’optimisme. Interrogé par France 24, Samuel Alizon, chercheur au CNRS et spécialiste des maladies infectieuses, estime qu'"avec cinq variants préoccupants en 2021, il semble excessivement optimiste de penser qu’il n’y aura aucun nouveau en 2022". Un avis que rejoint notre expert maison, Yves Coppieters, professeur de santé publique à l’Université libre de Bruxelles, en raison de l’inégalité vaccinale qui permet au virus de continuer à circuler dans des pays sous-vaccinés, et qui favorise l’apparition de nouveaux variants.

G comme génome

D’après la Société Française de Microbiologie, les caractéristiques génomiques d’Omicron suggèrent qu’il évoluait depuis longtemps (2020) à partir d’autres lignées du virus SARS-CoV-2, difficiles à définir exactement, sans avoir été détecté auparavant.

L’une des hypothèses envisagées pour son émergence est celle de l’incubation chez une personne immunodéprimée, une personne dont le système immunitaire a été affaibli, par exemple à la suite d’une infection par le virus du sida non traitée. Le virus s’attarderait à l’intérieur de la personne, mois après moi, sans la tuer, mais en se reproduisant de façon continue. Richard Lessells, spécialiste des maladies infectieuses à l’Université du KwaZulu-Natal à Durban, en Afrique du Sud, qui fait partie de l’équipe qui a identifié Omicron, a pu tester cette hypothèse en analysant des échantillons de coronavirus prélevés sur une période de 6 mois sur une femme séropositive.

H comme hospitalisations

D’après l’institut Pasteur, qui a réalisé un modèle mathématique sur l’impact et le contrôle de la pandémie en France cet hiver, le variant Omicron "apparaît nettement plus transmissible que le variant delta mais sa sévérité intrinsèque semble réduite".

Il est cependant pour l’instant difficile d’évaluer avec précision cette sévérité. L’institut souligne que les données sud-africaines et écossaises suggèrent une réduction de 80 à 80% du risque d’hospitalisation pour Omicron par rapport à Delta, et les données anglaises, une réduction de 50 à 70%. Cependant, il est difficile de savoir si cette réduction du risque est liée à la moindre sévérité du variant Omicron, par nature, ou bien au fait qu’Omicron, capable d’échappement immunitaire, infecte plus souvent des personnes infectées ou vaccinées et donc à moindre risque de formes graves.

Les hospitalisations Covid en Belgique ont cependant recommencé à augmenter fin décembre. Les autorités sanitaires belges estiment qu’elles vont continuer à monter jusqu’à fin janvier, et que l’on pourra arriver à un pic allant de 400 à plus de 1000 hospitalisations par jour. L’occupation totale pourrait varier entre 2500 et 10.000 lits occupés. Les occupations en soins intensifs dépendront de la gravité, mais le virologue Steven Van Gucht estime que nos capacités en soins intensifs devraient être suffisantes.

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I comme incubation

Le temps d’incubation du variant Omicron semble plus court que celui du variant Delta. Alors que la forme originale du virus mettait généralement 5 à 6 jours pour faire apparaître des symptômes, une fois fixée dans nos cellules, le variant Omicron pourrait produire ses effets plus vite : en moyenne 3 jours, d’après de nouvelles données publiées récemment par le CDC américain (Centers for Disease Control and Prevention).

J comme jeunes

Aux Etats-Unis, les hospitalisations des moins de 18 ans ont atteint un pic record, depuis le variant Omicron. A la toute fin de décembre, en une semaine, elles ont représenté une augmentation de 66% par rapport à la semaine précédente, d’après les chiffres des CDC. Cette tendance à la hausse des hospitalisations pédiatriques pourrait s’expliquer mécaniquement par le fait que les taux de vaccination sont bien plus bas chez les plus jeunes. On ne peut pas, pour l’instant, affirmer que la hausse des hospitalisations pédiatriques s’explique par le fait qu’Omicron soit plus grave que Delta chez les enfants. Une surveillance est néanmoins mise en place chez nous au niveau pédiatrique.

K comme Kiadi ?

Omicron a cette faculté de délier les langues et de favoriser le sens du don de l’expertise, tant chez ceux qui le sont vraiment, que chez ceux qui rêvent de l’être. Par ailleurs, puisque c’est un variant qui se dévoile jour après jour, il fait naître l’espoir d’un "après", d’un virus qui change la donne de la pandémie. Cependant, personne n’est sûr encore de ce qui va se passer maintenant.

Ceci entraîne, de la part de nos experts, des paroles parfois contradictoires, entre "nous espérons que" et "il est avéré que". Le virologue Marc Van Ranst oscille par exemple sur Twitter entre un Omicron peu dangereux et un Omicron qui va surcharger la première ligne. L’un n’empêche pas l’autre, il est vrai, et il a raison, mais la perception est brouillée. Ce n’est cependant pas spécifique à Omicron, mais typique de cette phase de la pandémie.

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L comme laboratoire

Les tests PCR contre Omicron sont-ils moins efficaces ? Et quid des tests antigéniques rapides ? A propos de ces derniers, tout d’abord, la FDA, l’administration américaine de la santé, avertit à leur sujet, dans un rapport publié le 28 décembre dernier : "Les premières données suggèrent que les tests antigéniques détectent le variant omicron mais peuvent avoir une sensibilité réduite". Cela signifie que ces tests, en fonction de leur sensibilité, peuvent présenter des risques plus ou moins élevés de faux négatifs. Ils sont de toute façon, quel que soit le variant, déjà moins sensibles que les tests PCR, mais cette baisse de sensibilité serait accrue avec Omicron.

Le virologue Marc Van Ranst conseille aux personnes qui souhaitent réaliser un autotest de s’introduire l’écouvillon, non pas dans le nez, mais dans la gorge, pour améliorer la fiabilité.

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M comme mutations

Le variant Omicron présente 62 mutations dans son génome, par rapport à la souche originelle de Wuhan. Parmi elles, 11 n’ont pratiquement jamais été observées jusqu’à son apparition. Et le plus important, c’est que trois quarts de ces mutations affectent des protéines structurelles, dont plus de 50% (une trentaine de mutations) concernent la protéine Spike, la clé d’entrée du virus dans nos cellules. De nombreuses mutations présentes sur cette protéine augmentent son affinité avec la "serrure" d’entrée dans nos cellules, le récepteur ACE2.

N comme anticorps neutralisants

Lorsqu’on parle d’anticorps contre le virus, on vise généralement les anticorps dits "neutralisants", capable de le neutraliser. En ce qui concerne le variant Omicron, les chercheurs de l’Institut Pasteur et du Vaccine Research Institute, en collaboration notamment avec la KU Leuven, ont montré qu’Omicron est beaucoup moins sensible aux anticorps neutralisants que le variant Delta. Il est donc, comme l’explique l’Institut Pasteur, "particulièrement peu sensible aux anticorps anti-SARS-CoV-2 actuellement utilisés comme outil thérapeutique ou obtenus après deux doses de vaccin. Par contre, une 3e dose de rappel avec un vaccin à ARNm, ou l’injection d’une dose chez des personnes préalablement infectées, augmente fortement les taux d’anticorps à un niveau suffisant pour neutraliser Omicron".

Le virologue belge Steven Van Gucht et l’Institut de santé publique Sciensano évaluent la protection après le booster à 60-70%, et le risque d’être contaminé, divisé par trois. Mais après 10 semaines, cette protection tombe à 40%. La dose supplémentaire place la protection contre la maladie grave à 88%.

O comme OMS

C’est l’Organisation Mondiale de la Santé qui définit si un variant est préoccupant, d’intérêt ou à suivre. Elle a classé Omicron comme variant préoccupant le 26 novembre dernier. Sa vision récente n’est pas qu’après Omicron, ce sera le calme. Ce mardi, elle a averti que la multiplication des cas d’Omicron dans le monde pourrait, selon elle, accroître le risque d’apparition d’un nouveau variant plus dangereux du Covid-19.

A contrario de la perception d’un risque amoindri par un variant moins pathogène, Catherine Smallwood, responsable des situations d’urgence à l’OMS, a indiqué à l’AFP que la montée en flèche des taux d’infection pourrait avoir l’effet inverse.

P comme protéine Spike

Les scientifiques italiens de Bambino Gesu ont mis en évidence la structure en 3D de la protéine Spike d’Omicron, comparée à celle du variant Delta. C’est la protéine qui est la clé qui entre dans la serrure de nos cellules. Avec Omicron, elle ressemble à passe-partout. Sur la représentation graphique, les points rouges montrent une très forte variabilité par rapport à la souche précédente ; les points bleus, une très faible.

Le variant Delta et Omicron @AFP

Une récente étude de Glasgow réalisée in vitro suggère aussi qu’Omicron entre dans les cellules par une autre voie que tous les SARS-CoV-2 connus à ce jour. Comme l’explique le virologue Benoît Muylkens, "il emprunte un chemin que d’autres coronavirus utilisent. Son enveloppe virale ne fusionne pas (ou beaucoup moins bien) avec la membrane cellulaire en surface de la cellule, mais après que le virus a été internalisé dans une petite vésicule à l’intérieur de la cellule. On parle d’une fusion membranaire suivant l’endocytose de la particule virale."

Q comme quarantaine

Y a-t-il des raisons scientifiques de modifier la durée de la quarantaine à l’égard du variant Omicron ? A ce stade, non. La décision modifiant les règles de testing et de quarantaine en Belgique est politique et découle d’une anticipation de la dynamique qui va submerger les centres et le monde économique, tant le nombre de cas positifs va augmenter. Le laboratoire de référence de la KU Leuven estime d’ailleurs qu’il s’agit à ce stade d’une décision "hasardeuse". "Nous n’avons pas d’arguments scientifiques à ce stade pour soutenir la suppression ou la réduction de la durée de la quarantaine parmi les personnes vaccinées", précise son dernier rapport (page 8).

Cependant, 20% des contacts vaccinés à haut risque sont positifs, d’après Sciensano. Les personnes vaccinées ayant un contact à haut risque en Belgique sont donc incitées à porter un masque FFP2.

R comme réinfection

Omicron présente un risque accru de réinfection des personnes guéries de la maladie ou vaccinées. D’après ce rapport de l’Imperial College de Londres, le risque de réinfection avec le variant Omicron est 5,4 fois supérieur à celui du variant Delta. Cela implique que la protection contre la réinfection par Omicron offerte par une infection passée peut être aussi basse que 19%.

Mais ce qui est positif, c’est que les anticorps dirigés contre Omicron sont efficaces contre les variants antérieurs, au cas où une personne serait recontaminée par une autre souche existante.

S comme sévérité

Comment évaluer la sévérité d’Omicron ? En observant l’évolution des hospitalisations, des admissions en soins intensifs, la proportion de patients en insuffisance respiratoire aiguë, ayant besoin d’une oxygénothérapie, placés sous ventilation mécanique et l’évolution des décès.

Une analyse statistique sud-africaine dirigée par des épidémiologistes du National Institute for Communicable Diseases (NICD) de Johannesburg a comparé la sévérité clinique des patients admis au cours des quatre premières semaines de la vague Omicron, avec celle des patients admis lors de deux vagues précédentes (variants Beta et Delta) : les cas hospitalisés pour le variant Omicron ont été moins sévères. Ils présentaient un risque trois fois moindre de présenter une forme sévère, que ceux admis lors de la 3e vague Delta.

Une deuxième étude sud-africaine publiée dans la revue américaine JAMA montre une tendance similaire. Le taux d’admission aux urgences des patients porteurs d’Omicron a été plus faible que lors des vagues précédentes, la proportion de patients en insuffisance respiratoire aiguë était plus faible, et celle de patients ayant besoin d’une oxygénothérapie a diminué.

Au Royaume-Uni, où la pyramide des âges et le taux de vaccination sont plus proches des nôtres, les données publiées fin décembre par l’Agence britannique de sécurité sanitaire (UKHSA) indiquent que le risque d’être hospitalisé avec Omicron est environ le tiers de celui avec Delta.

Aux Etats-Unis, une étude rétrospective a conclu que les risques de visite aux urgences, d’hospitalisation, d’admission aux soins intensifs et de ventilation mécanique étaient (à 3 jours) systématiquement réduits de plus de moitié par rapport à ceux observés dans la cohorte de patients infectés par le variant Delta.

Face à ces études, il faut rester vigilants, car elles comportent des limites, et observer également ce qu’il se passe dans la vie réelle, dans des pays comparables au nôtre, après une période significative.

T comme transmissibilité

Le variant Omicron s’est répandu de façon très rapide dans les pays où il est apparu. Cela peut suggérer qu’il est plus transmissible que d’autres variants. Cependant, il est difficile de savoir si c’est bien une caractéristique intrinsèque du virus ou un effet lié à d’autres paramètres, comme un temps d’incubation plus court, un échappement immunitaire.

U comme vaccin "universel"

C’est l’espoir de demain : mettre au point des vaccins efficaces contre les variants actuels et futurs du SARS-CoV-2, voire étendus à tous les coronavirus humains. Plusieurs techniques sont à l’étude pour trouver un vaccin "pancoronaviral" chez l’homme, comme celles autour d’anticorps largement neutralisants, ou d’ARNm codant pour une protéine Spike multiplexe chimérique (composée de segments multiples issus de protéines Spike de divers bêtacoronavirus de l’homme et des chauves-souris).

V comme virulence

Qu’est-ce qui pourrait expliquer la moindre sévérité du variant Omicron ? Des travaux expérimentaux menés récemment par une équipe de la Faculté de médecine LKS de l’Université de Hong Kong sur des hamsters et des souris indiquent que ce variant pourrait être devenu spécialisé dans l’infection des voies respiratoires supérieures, et non dans les poumons humains, dans lesquels il semble se multiplier plus lentement que le variant Delta. Ce serait une explication supplémentaire à son échappement immunitaire, puisque les anticorps des muqueuses sont très peu impliqués dans la vaccination, et à sa plus grande contagiosité.

Le virologue belge Steven Van Gucht a déclaré à la conférence de presse du premier Comité de concertation de cette année 2022 qu’Omicron était "beaucoup plus clément" et présentait 50 à 75% moins de risque de développer une forme grave.

X comme Xi

Une lettre de l’alphabet grec qui ne sera pas attribuée à un variant. Comme le "Nu", qui ressemble trop à "new" en anglais. "Xi" est un nom de famille chinois et il se trouve que c’est le patronyme du président Xi Jinping.

L’OMS a publié des recommandations, dès 2015, indiquant que "les termes à éviter dans les noms de maladies sont les lieux géographiques (par exemple, syndrome respiratoire du Moyen-Orient, grippe espagnole, fièvre de la vallée du Rift), les noms de personnes (par exemple, maladie de Creutzfeldt-Jakob, maladie de Chagas), les espèces animales ou les aliments (par exemple, grippe porcine, grippe du poulet, orthopoxvirose simienne), les termes renvoyant à des aspects culturels ou désignant des populations, des secteurs d’activité ou des métiers (par exemple, celui de légionnaire) et ceux susceptibles de susciter des peurs inutiles (inconnu, fatal, épidémique)".

Y comme Yves Van Lathem

Le porte-parole interfédéral belge à la lutte contre le Covid-19 s’est le premier avancé en Belgique sur l’espoir d’un Omicron rikiki en hospitalisations mais costaud en contaminations. Avant même la dinde et le fromage, à l’heure des pantoufles devant la cheminée, il se lançait : "Ce serait notre meilleure arme écologique et biologique contre le variant actuel, le Delta. Le nouveau serait en effet moins virulent, ce qui permettrait d’avoir une protection croisée", disait-il à nos confrères de la Dernière Heure. "Si on peut renverser le Delta de la sorte, ce serait un cadeau inespéré, un très beau cadeau de Saint-Nicolas."

Précipité ou visionnaire ? Les hôpitaux belges seront les premiers évaluateurs.

Z comme zinc

Bien qu’il soit un oligoélément essentiel, réputé pour ses propriétés anti-inflammatoires, antioxydantes et de renforcement de l’immunité, le zinc n’est pas plus efficace de façon préventive ou curative contre le variant Omicron que contre les autres variants du coronavirus.

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